Jan Kounen est né le 2 mai 1964 à Utrecht (Pays-Bas).
Il a étudié aux Arts décoratifs de Nice, plus particulièrement dans les domaines cinéma-animation-pixilation. Il en sort en 1988 avec le Diplôme national supérieur d’expression plastique.
Il est cinéaste et a réalisé, entre autres, Dobermann, Blueberry, 99 Francs, Coco Chanel & Igor Stravinsky, Le Vol des cigognes, ainsi que plusieurs documentaires, dont Darshan, l’étreinte et D’autres mondes.
En 2006, Tigrane Hadengue, cofondateur de Mama Éditions, imagine un livre qui naîtrait de la rencontre entre trois personnalités qui ont en commun la pratique du chamanisme ayahuasca. Avec l'anthropologue Jeremy Narby et l'écrivain Vincent Ravalec, Jan Kounen échange sur la découverte et l'expérience du chamanisme par les Occidentaux. Les conversations sont enregistrées, retranscrites et publiées en 2008 dans l'ouvrage Plantes & chamanisme, Conversations autour de l'ayahuasca & de l'iboga.
Il est aussi l’auteur de Visions : regards sur le chamanisme, et, en 2011, il publie Carnets de voyages intérieurs, Ayahuasca medicina, un manuel, son témoignage humble et amusant sur ses expériences de la médecine traditionnelle ayahuasca d'Amazonie, préfacé par Jodorowsky.